Depende da forma com que você escolheu cumprir o aviso.
Está cumprindo duas horas a menos?
está cumprindo carga horária Integral?
Se estiver em carga horária integral, poderá faltar até 7 dias.
Mas em regra geral, a empresa poderá sim descontar do seu salário.
Estou a disposição para mais esclarecimentos
Resposta enviada em 31/08/2015